故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的猪名寺 乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。在那里认识了富商的儿子福富 しんべヱ和战争中丧失父母的摄津の きり丸，并成为好友，组成了“三人组”。每集内容主要讲述三位“忍蛋”（小忍者）在忍者学校所发生的趣事